Pueblo situado al este de la provincia de Burgos, a los pies de la “Sierra de las Mamblas” , entrada a la Comarca del Arlanza por la BU-901, y por la N-234 a Tierras De Lara y la Sierra de la Demanda.

Un 11% de su término municipal se encuentra dentro de la Zona de Especial Protección para las Aves del espacio protegido de Castilla y León, Sabinares del Arlanza.

A menos de 30km de muchos lugares de interés cercanos, Burgos, Covarrubias, Santo Domingo de Silos, Lerma o Salas de los Infantes.

CUEVAS DE SAN CLEMENTE , situado a 28Km de Burgos.

Estas tierras ya estuvieron habitadas hace más de 3000 años a.C , y las pruebas de ello son los múltiples hallazgos de restos arqueológicos en toda la comarca cercana.
El origen del pueblo lo podemos situar a partir del Siglo X , justo cuando el rey Alfonso III decide repoblar toda esta zona para que la reconquista avance hacia el sur y este.

A su llamada acuden gentes del norte (atestiguado por numerosos términos cuyos nombres evocan esa procedencia: Vizcaínos , Váscones, Vasconcillos, etc...) y del sur (que escapaban de la dominación árabe).

La hipótesis más probable es que una vez reedificada la ciudad De Lara en el año 902 y dado el salto de la Sierra de Mamblas hacia el año 912 había que poner una línea defensiva en aquella zona.

Aprovechando el derecho de presura concedido por el rey para la repoblación, llegaron hasta esta zona mozárabes huidos de Al-Andalus: así nacería el pueblo de San Clemente, nombre este de santo mártir en tierra morisca, siguiendo la tradición mozárabe.

Las referencias históricas más antiguas sobre la localidad y su iglesia se encuentra en un documento fechado un 25 de noviembre del año 1152 en Castrojeriz, mediante el cual Alfonso VII donó a la Catedral burgalesa y a su obispo don Víctor la iglesia de San Clemente y la villa de Cuevas de San Clemente (ecclesia Santti Clementes cum illa villa que vocatur Covas).
Dependencia que se mantuvo hasta mediados del s. XIV. según el libro “Becerro de las Behetrías”.
De esta cita se desprende que etimológicamente el topónimo actual proviene de la antigua advocación de su iglesia.
El pueblo actual sería la fusión de todos los núcleos de población antiguos y cercanos: San Clemente, Cuevas, Ruyales, Vascones, Mazariegos, que fueron desapareciendo progresivamente concentrándose la población en el núcleo central o más importante.
El nombre del pueblo recoge, por tanto, toda la historia precedente.
De sus muchas gentes, uno ha sido últimamente el que ha llevado el nombre de Cuevas por el mundo, el pintor Modesto Ciruelos.